Hang động Harmanecká là nơi sinh sống của nhiều loài động vật khác nhau, nhưng phổ biến nhất vẫn là dơi. Cho đến ngày nay, 10 loài dơi khác nhau đã được tìm thấy trong hang động này. Có thể kể đến một số loài dơi như: Rhinolophus ferrumequinum, Rhinolophus hipposideros, Myotis myotis, Myotis mystacinus, hay Myotis emarginatus. Động vật không xương sống cũng có khả năng được tìm thấy trong khu vực dưới lòng đất của hang động.[1]